Như Pokémon Red, Blue và Yellow, người chơi được coi như người thứ ba trong Pokémon Gold và Silver, trực tiếp điều khiển nhân vật chính của mình vòng quanh thế giới giả tưởng tương tác với con người và đồ vật. Khi người chơi khám phá thế giới anh ấy/cô ấy sẽ gặp nhiều địa hình khác nhau, như bãi cỏ, rừng, hang động, biển mỗi nơi có một loài Pokémon khác nhau. Khi người chơi ngẫu nhiên bắt gặp một Pokémon, sân đấu chuyển thành một cảnh chiến đấu theo lượt, các Pokémon sẽ chiến đấu với nhau.[3]

Game có hai mục tiêu chính: đi theo cốt truyện và đánh bại Elite Four và Lance để trở thành nhà vô địch mới, và hoàn thành Pokédex bằng cách bắt, tiến, và trao đổi có được tất 251 Pokémon. Một yếu tố chính của mục tiêu là nâng cao sức mạnh của Pokémon bằng cách chiến đấu với các Pokémon khác, có thể là Pokémon hoang hoặc thuộc quyền sở hữu của các nhà huấn luyện khác. Hệ thống này tính bằng điểm kinh nghiệm và lên cấp độ, giống như tất cả tựa game Pokémon khác, người chơi kiểm soát đặc tính của Pokémon, như chỉ số chiến đấu, và những chiêu thức có thể học được.[4]

Lối chơi mới

Tuy Pokémon Gold và Silver vẫn giữ lại những cách chơi cơ bản như bắt, chiến đấu và tiến hóa được giới thiệu ở Pokémon Red và Blue, một số lối chơi mới đã được thêm vào. Hệ thống thời gian ở phiên bản này sử dụng đồng hồ tính theo thời gian thật. Một số sự kiện, kể cả sự xuất hiện của Pokémon, đều bị ảnh hưởng bởi tính năng này. Những món vật dụng mới đã được thêm vào, một số được thiết kế để khai thác lối chơi mới: Pokémon có khả năng giữ đồ vật.[5] Một loại đồ vật mới có thể được giữ là berry(trái cây), có nhiều loại berry khác nhau, chúng có thể dùng để hồi phục máu hoặc chữa trị tình trạng xấu(tê liệt, bỏng,..). Một số đồ dùng giữ được khác có thể làm tăng sức mạnh của Pokémon trong chiến đấu. Một số Poké Ball chuyên dụng hơn đã được giới thiệu, giúp việc bắt Pokémon dễ dàng hơn trong một số trường hợp.